吴石中将被捕牺牲，主要是因为“台湾工委书记”的叛变和华东局特派员“海鸟一号”朱枫（朱谌之）的被捕：蔡孝乾的笔记本上有“吴次长”三个字，并招供说朱枫与吴石多次见面；特务在朱枫身上搜到了可能是吴石签发、由吴石原副官聂曦办理的通行证，在蔡孝乾小姨子马雯鹃（化名刘桂玲）的身上，也有同样的通行证。
这里我们有必要强调一点：跟电视剧《沉默的荣耀》所演的不同，聂曦并不是一直给吴石当副官，他被捕的时候，早已离开吴石去当了“国防部”史政局总务组组长、东南军政长官公署总务处交际科科长，所以只能算“吴石旧部”。
毕业于黄埔军校第十七期炮兵科、担任吴石将军随从参谋多年的王强在《吴石：虎穴忠魂》（全国政协回忆录专刊《纵横》2002年第九期）中回忆，在大陆期间，聂曦就已经不再是吴石副官，而是史政局总务组组长，到了台湾后，老蒋还保留着一些旧有机构，比如所谓的“东南军政长官公署”，一直到1950年3月31日才撤销，撤销之前的军政长官是陆军上将陈诚，副长官为林蔚、郭寄峤、罗卓英、郭忏、孙立人、汤恩伯，从双堆集逃脱的胡琏、从天津逃脱的刘云瀚，一个兵团三个军六万多人都归陈诚管。
因为所谓的东南军政长官公署手下有兵，而且还控制着潮汕部分地区，在军事上有重要意义，吴石就把聂曦派去当了交际科上校科长——那是一个很容易获取前线情报的重要岗位。
聂曦已经不是吴石副官，蔡孝乾也从来没有跟吴石直接接触，朱枫吞金自尽未成，遭受酷刑也没有变节招供，所以手里，只有“间接证据”，还不能形成完整的证据链，就连朱枫到吴石家“拜访”，也是以“陈太太”的身份去的——陈绶卿已故，其女婿王昌诚在警务部门有较高的职务。
朱枫的公开身份是“富商遗孀”，而且有女婿那层关系，跟吴石夫人王碧奎喝茶聊天打麻将聊美食，根本就不能证明是跟吴石“接头”，顶多能算是有“策反吴石”的嫌疑。
吴石将军在岛上已经坐到“国防部参谋次长”的高位，论级别还要高于毛人凤——蒋系官僚体系和机构设置很奇葩，国防部部长和国防部参谋总长平级，参谋总长甚至比部长权力还大，参谋次长跟国防部次长平级，当时国防部有个次长叫，郑介民给“国防部保密局局长”毛人凤当了多少年的顶头上司，熟悉那段历史的读者都知道：军统局副局长戴笠坠机，郑介民跨过副局长直接就任正局长，毛人凤唐纵为副局长；军统局改为保密局，郑介民又是正局长，毛人凤还是副局长；郑介民晋升国防部次长，同时管辖国防部二厅（情报厅，也是特务机构）和保密局，老蒋怕他成为第二个戴笠，就让他只当次长，毛人凤这才有机会“扶正”。
在吴石和郑介民这两个次长面前，毛人凤是要占着说话的，更为重要的一点，是聂曦当时属于陈诚的部下——陈诚“陈驸马”有自己的“土木系”，不但是老蒋的干女婿，而且还是东南军政长官公署长官、“台湾省主席兼台湾警备总司令部上将总司令”，毛人凤要抓聂曦，首先得看陈诚脸色。
老蒋对陈诚有多信任，陈诚对保密局有多不待见，熟悉那段历史的读者都知道：戴笠活着的时候，就十分忌惮陈诚，毛人凤在陈诚面前，大气都不敢出。
既然聂曦已经不是吴石的副官而是陈诚的部下，那么吴石就可以使出第一招了：朱枫的通行证，就是聂曦办理的，跟我一点关系都没有，要问，你们去问陈诚！
把陈诚牵扯进来，通行证一事就很有可能不了了之，顶多是聂曦收了“女富商”朱枫的钱财，犯了一点当时蒋系官员都会犯的错误而已。
吴石可以把责任都推给聂曦，但是他却不屑这么做：第一，聂曦跟随他多年，这种推出老部下顶罪的事情，他绝不肯干。
有人说在吴石家中搜出了“他亲笔签发给朱枫前往舟山《特别通行证》的有关书面材料”，这就属于无稽之谈了：吴石就是再没有经验，也不会保留这些有问题的文件，即使保留，也不能放在家中。
在吴石家中搜出相关文件是不可能发生的事情，于是吴石就有了第二招：矢口否认他与朱枫有任何实质性往来，也没有提供给朱枫任何情报——在朱枫身上，也确实没有搜出任何吴石提供的情报，朱枫被捕，完全是因为蔡孝乾被捕后从出卖。
朱枫被捕前已经在舟山定海亲戚家中隐藏了十多天，早就把吴石交给她的情报处理妥当，能证明她跟吴石有交集的，就是吴石夫人王碧奎托她带给自己在上海读医科的女儿的一块手表，但只要朱枫不说，特务也不知道那块手表的来历，即使知道，那也是两位太太的私事而已，根本就证明不了什么。
王碧奎确实跟朱枫有密切的来往，这时候吴石就可以使出第三招了：请夫人出面作证，表示自己和吴石都是被朱枫蒙蔽，吴家上下都不知道朱枫的真实身份——连当警官的女婿都不知道，我们只有数面之交，怎么能看出她是地下党？
公开的资料表明，王碧奎确实不知道吴石的真实身份，这恰恰是吴石可以利用的优势：不管是毛人凤还是谷正文，都是极其阴险狡猾且经验丰富的老特务，他们是可以分辨出王碧奎是不是地下党的，既然王碧奎没有嫌疑，那么吴石就有可能也是“冤枉”的。
吴石最后被定的罪名也只是“通共”而非“共谍”，这就是可以大做文章的地方：“通共”是一回事，“共谍”又是一回事，吴石极有可能是在无意间对朱枫提供了一些诸如开通行证之类的小小帮助，只要吴石坚决不承认，那么时间拖久了，事情就可能出现转机——吴石素有“儒将”之称，在蒋军高层人缘儿极好，只要他不承认，周至柔和陈诚就有可能替他说话。
电视剧里小蒋亲自参与“侦办”，在真实的历史中是不可能发生的，因为小蒋谋的是“接班”，绝不会放下身段整天跟毛人凤混在一起，这一点连沈醉都知道：“蒋经国的野心很大，随时都在作继承父业的准备，毛便在这方面来投其所好，我看到毛人凤对蒋经国那种低三下四的神气，真令人作呕。”
据曾任军统局行动处处长、情报局（原保密局）澳门组少将组长程一鸣回忆，到了台湾之后，毛人凤的日子并不好过，军中大佬对他都十分不待见，毛人凤只能想方设法夹着尾巴讨好，对周至柔、陈诚那样的实权派，他真不敢招惹，如果聂曦和吴石一口咬定只是被朱枫“蒙蔽”，那么毛人凤写报告的时候，也不敢确定他们就是地下党——事实上这二位好像也真没有组织关系。
虽然吴石可以用上述三种方式保全自己，但职业军人的尊严，却让他选择了实话实说，不但承认自己确实提供了情报，还大义凛然地表示台湾必将解放，自己所作所为是为了民族大义，早已将生死置之度外。
吴石没有选择“自救”而是从容就义，这也给读者诸君留下了很多问题：据您了解，当时特务们是否已经掌握了吴石是地下工作人员的确凿证据？如果吴石坚决否认一切指控，毛人凤又能拿他怎么办？除了上面所说的三招，吴石是不是还有其他方式能“洗清嫌疑”？
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